Adopté par le Conseil d’Administration du PNUD en sa session annuelle de juin 2002, le Programme de pays Mali – PNUD pour la période 2003-2007 a été élaboré dans le cadre de la réforme des Nations Unies qui a abouti à une harmonisation des cycles de programmation des programmes du PNUD, de l’UNICEF, du PAM et de l'UNFPA. 

Il procède d’une concertation élargie avec le gouvernement, la société civile, l’équipe pays, les Institutions de Brettons Woods et la communauté des donateurs et a été conçu à partir du Bilan Commun de Pays, du Cadre Stratégique de Lutte contre la Pauvreté (CSLP) et du Plan cadre des Nations Unies pour l'Aide au Développement (UNDAF 2003-2007).

L
a mise en œuvre du programme 2003-2007 a permis de cerner la difficulté de sortir de l’approche projet pour adopter l’approche programme, qui est par ailleurs celle vers laquelle tendent maintenant les autres partenaires dans le cadre de la déclaration de Paris sur l’efficacité de l’aide. 

Cette harmonisation  engendre une demande d’accompagnement du PNUD d’un type nouveau pour lequel le positionnement du bureau au Mali est en cours, afin de rester un partenaire stratégique du Gouvernement dans la mise en œuvre des programmes nationaux.